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Elena Agazzi si è laureata in Filosofia nel 1985 presso l'Università degli Studi di Pavia e in questa stessa sede universitaria ha conseguito nel 1989 una seconda laurea in Lingue e letterature straniere. Ha vinto per concorso nazionale una cattedra di professore associato in lingua e letteratura tedesca nel 1992, iniziando la propria attività d'insegnamento nel 1992 presso l'Università degli Studi di Bergamo. Dal 2002 è Professore Ordinario presso questa stessa Università. È stata Visiting Professor presso l'Università di Mannheim e ha tenuto periodicamente seminari in Germania presso l'Università di Göttingen. Ha conseguito borse di studio del DAAD in collaborazione con il Ministero degli Affari Esteri a Berlino nel 1988-1989, dello Schiller-Archiv di Marbach nel 1990, della Herzog August-Bibliothek di Wolfebüttel nel 1997, e dal 1996 è Fellow della Alexander von Humboldt-Stiftung; ha ottenuto grazie alla Alexander von Humboldt una borsa di studio di sei mesi presso la cattedra di letteratura tedesca di Würzburg nel 1996, successivamente, sempre a Würzburg, per tre mesi nel 1998, infine a Berlino, per tre trimestri, nel 2000, nel 2002 e nel 2009.
Tra il 2006 e il 2007 è stata coordinatrice della sede universitaria di Bergamo per la rete tematica europea di studi ACUME diretta da Vita Fortunati (Università degli Studi di Bologna) sul tema: Cultural Memories in European Countries. Dal 2008 è coordinatrice della sede universitaria di Bergamo per la rete tematica europea di studi ACUME2 diretta da Vita Fortunati (Università degli Studi di Bologna) sul tema: Interfacing Sciences and Humanities. Progetto locale: Il paradigma della luce nelle letterature europee, nella cultura visuale e nelle scienze. Da marzo 2008 è responsabile con il Prof. Dr. Erhard Schütz (Humboldt-Universität zu Berlin) del Vigoni Projekt (progetto biennale MIUR in cooperazione con l'Ateneo Italo-Tedesco e il DAAD) sul tema 1945-1961. Kultur im Wiederaufbau-Wiederaufbau der Kultur in fiktionaler Literatur, Sachbuch und Film. Membro cooptato del consiglio scientifico della Società Italiana di Studi per il secolo XVIII e della Deutsche Gesellschaft für die Erforschung des 18. Jahrhunderts. Membro della Winckelmann- e della Broch-Gesellschaft. Membro dell'Humboldt Kolleg italiano e della Società Italiana di Germanistica (AIG). Membro della Schiller-Gesellschaft (Marbacher Archiv). Membro del comitato scientifico delle riviste Germanistik, Comparatio, Neoclassico, Monatshefte, Gegenwartsliteratur Arbitrium.
Suo campo di studio sono la letteratura tedesca dell'età classico-romantica, la letteratura e la cultura tedesca della contemporaneità e alcuni aspetti dei rapporti letterari con le arti figurative e le scienze dal XVIII al XX secolo. Ha tradotto opera di Fr. Schlegel, Goethe, Döblin, Benn, Aichinger. Fra le sue pubblicazioni Il prisma di Goethe. Letteratura e scienza nell'età classico-romantica (Napoli: Guida, 1996), Il corpo conteso. Rito e gestualità nella Germania del Settecento (Milano: Jaca Book, 2000), La memoria ritrovata. Tre generazioni di scrittori tedeschi e la coscienza inquieta di fine Novecento (Milano: Bruno Mondadori, 2003) apparso in Germania nel 2005 per l'editore Vandenhoeck & Ruprecht in 2005. Ha curato, fra l'altro, con Eva Kocziszky Der fragile Körper. Zwischen Fragmentierung und Ganzheitsanspruch (Göttingen, V&R Unipress, 2005) e Vita Fortunati Memoria e saperi. Percorsi transdisciplinari (Rome: Meltemi, 2007). Tra le ultime pubblicazioni: W.G. Sebald: in difesa dell'uomo (Firenze: Le Lettere, 2012,Wackenroder. Opere e lettere. Scritti di arte, estetica e morale in collaborazione con Ludwig Tieck, a cura di Elena Agazzi Bompiani con Raul Calzoni (a cura di), Progetti culturali di fine Settecento fra tardo Illuminismo e Frühromantik, Milano: Mimesis, 2016 (CULTURA TEDESCA n. 50), Gabbiadini e Michael Lützeler (a cura di), Hermann Brochs Vergil – Roman: Literarischer Intertext und kulturelle Konstellation, Tübingen, Stauffenburg 2016.
Ha collaborato tra il 2016 e il 2017 al Benn-Handbuch, al Sebald–Handbuch e al Winckelmann-Handbuch.